故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞「A Bao A Qu」的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的のイオ？フレミング少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向