新系列的主人公仍然是小智，他和皮卡丘一起来到卡洛斯地区的中心城市米亚雷城。遇到了迄今为止从未见过的新精灵，结识了很多新朋友。并开始了勇敢挑战卡洛斯联盟的全新冒险。