《Qualidea Code》描述的是与人类之敌「Unknown」持续斗争的世界。在数十年前Unknown展开攻击时，透过冬眠设施避难的孩子们终于从睡眠中醒来，并发现自身拥有了超自然力量「世界」。为了从东京湾GATE中出现的Unknown手中保护国家，位于东京、神奈川和千叶防卫都市的少年少女们展开一场血的战斗